Verilen karar, katılan ve sanık avukatlarının temyiz talepleri sebebiyle, evvel Sakarya Bölge Adliye Mahkemesi 2’nci Ceza Dairesi, akabinde Yargıtay 3’üncü Ceza Dairesi tarafından tekrar incelendi. Yargıtay 3’üncü Dairesi, davada verilen kararların büyük çoğunluğunu onaylarken, 3’ü beraat, 9’u mahkumiyet kararı alan toplam 12 sanık hakkında verilen kararları eksik araştırma ve kanıtların değerlendirilmesinde düşülen yanılgıyla yazılı biçimde karar kurulması sebebiyle bozdu.
Anayasal sistemi ortadan kaldırmak, kişiyi hürriyetinden mahrum bırakma ve silahlı terör örgütüne üye olmak hatalarından yargılanarak beraat eden sanıklar eski astsubaylar Ali Cihan Özçelik, Murat Göktürk ve Gürkan Kantaroğlu ile birebir hatalardan cezalar alan eski tuğamiral Nazmi Ekici, eski albay Başkan Öngör, eski astsubay Olcay Keriman, eski kurmay binbaşı Özgür Gencer, örgütün mahrem ağabeyleri Emrah Çoban, Enver Kılıç, Mehmet Sarı, Oktay Aygün ve Ümit Kol belgenin Kocaeli 5’inci Ağır Ceza Mahkemesi’ne gönderilmesinin akabinde tekrar yargılanacak.